Fakta, artiklar, böcker online

Faktadatabaser, böcker och vetenskapliga artiklar på nätet

I olika databaser på nätet finns fantastiska faktasamlingar. Fritt åtkomliga för alla.

Gratisböcker i biomedicin

Ett stort antal läroböcker av hög kvalitet i olika biomedicinska ämnen finns gratis tillgängliga på nätet. Däribland ledande titlar i cellbiologi, biokemi, immunologi, utvecklingsbiologi, medicinsk genetik, osv.

(a) Gå till NCBIs bokhylla.

(b) Scrolla nedåt och klicka på den bok du vill titta i. För några av böckerna kan du navigera dig rakt in i bokens innehåll. För andra böcker har förlagen bara tillåtit att man kan komma till önskade avsnitt med hjälp av sökord.

Kunskapsöversikt om olika mänskliga gener

I databasen OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) finns uppdaterade sammanfattningar av forskningsläget kring var och en av människans kända gener och proteiner.

(a) Gå till NCBI.

(b) Fokusera på det gråa fältet högt upp på sidan (se pil): I det övre fönstret, välj databasen OMIM. I det nedre fönstret, skriv på engelska in namn på en gen, ett protein, en sjukdom eller egenskap. (Exempelvis monoamine oxidase A, myoglobin, longevity, obesity, depression …). Klicka på ”Search”.

(c) Du får nu upp en sida med en lista på olika gener som på något sätt matchar din sökning. Välj en av dessa och klicka på den understrukna blåa koden ovanför genens namn. Du kommer då till en sida som sammanfattar den vetenskapliga litteraturen kring denna gen.

Söka i den vetenskapliga litteraturen

Alla vetenskapliga artiklar i seriösa tidskrifter i medicin och angränsande biovetenskaper samlas i databasen PubMed. Både sammanfattande översiktsartiklar, kallade reviews, och de artiklar där själva forskningsresultaten presenteras. En växande andel av dessa artiklar finns tillgängliga gratis på nätet i ”fulltext”. För de flesta artiklar kommer man dock för tillfället kostnadsfritt ”bara” åt en sammanfattning, kallad abstract.

(a) Gå till NCBI.

(b) Fokusera på det gråa fältet högt upp på sidan (se bild i förra avsnittet): I det övre fönstret, välj databasen PubMed. I det nedre fönstret, skriv på engelska namnet på en gen, ett protein, en sjukdom, en egenskap eller ett fenomen du vill veta mer om. Låt oss söka på böldpest. Skriv därför ”bubonic”. Klicka på ”Search”.  (Tar du med även ordet plague kommer artiklarna om böldpest att drunkna i ett enormt antal träffar som handlar om placken vid alzheimer och liknande sjukdomar.)

(c) Du får nu upp en mycket lång lista på samtliga artiklar som möjligen kan ha anknytning till ditt ämne. Artiklarna listas i fallande tidsordning. Genom att klicka på raden med artikelns namn kan du komma dess abstract (sammanfattning). I några fall är hela artikeln tillgänglig. Då finns en brun text ”Free Article” eller ”Free PMC Article” i listan. I dessa fall kan man klicka sig till hela artikeln endera via en länk vid den texten, eller via en färgglad länk till höger på den sida där abstract finns.

När man letar information om ett område kan man börja med att se om det finns översiktsartiklar i fulltext fritt tillgängliga. Skriv då in ordet review tillsammans med sökordet/sökorden. Om du inte hittar någon lämplig översiktsartikel innehåller ofta vanliga artiklars inledning en kort översikt över forskningsområdet.

Databaser över proteiners funktioner.

När forskarna studerar vad alla olika proteiner gör försöker de precisera tre olika aspekter av deras funktion: (1) Var i en cell proteinet befinner sig, (2) Vad det har för biokemisk aktivitet (olika enzymaktiviteter, bindningsförmågor etc) samt (3) vilken biologisk process proteinet är inblandat i (försvar, ämnesomsättning, styrning etc).

För att lagra och systematisera denna information skapas så kallade ”Gene ontology”-databaser. I dessa försöker man ta hänsyn till att många proteiner kan befinna sig på flera ställen i samma cell, kombinera flera olika molekylära aktiviteter eller ha betydelse för flera olika biologiska processer. För var aspekt har man skapat ett vittförgrenat trädsystem av olika kategorier och underkategorier, där många proteiner (och även många underkategorier) på en och samma gång kan befinna sig på flera olika ställen i ett träd.

(a) Gå till Gene Ontology Browser.

(b) Du ser där tre gråa fyrkanter med plustecken, en för var och en av de tre aspekter av funktionen som databasen har att hantera. Klicka på plustecknet framför ”molecular function”.

(c) I den lista som nu öppnas ser du att över 13 000 av människans (Hs) proteiner har bindningsförmåga, över 6000 enzymaktivitet. Runt 180 har förmåga att åstadkomma rörelse och över 1000 bygger upp viktiga strukturer.

(d) Genom att klicka på plustecknet framför catalytic activity kommer du till olika klasser av enzymer. Vandra via isomerase activity till DNA-topoisomerase activity. Klickar du sedan på angivelsen av antalet gener hos människa (Hs) eller mus (Mm) får du en sida som innehåller länkar till dessa gener.

Därigenom kan du använda denna databas till att skaffa dig en uppfattning om hur stor andel av våra gener som har olika aktiviteter, är inblandade i olika processer eller befinner sig på olika ställen. Eller till att hitta olika gener/proteiner med en viss typ av funktion.