Övningar bioinformatik

Elevövningar i bioinformatik

DNA-sekvenser, proteinstrukturer och mycket annat hamnar idag fritt tillgängligt på nätet. Där de kan analyseras med verktyg som är lättare att använda än ett vanligt ordbehandlingsprogram.

Jag har gjort fem övningar för gymnasieelever, där de får surfa omkring i dessa databaser, och använda dem för att lösa olika uppgifter och problem. De är alla utprovade på grupper av lärare och elever. Och uppdaterades i maj 2010.

En kortkurs för lärare och andra som vill bekanta sig med dessa databaser och webbtjänster finns på ett annat ställe på denna sajt. Nämligen här!

Släktträd med influensavirus

Är viruset i en sjuk patient den nya influensan? Eller den gamla? Eller kanske fågelinfluensan? Eleverna får leta reda på sekvenser från olika virus, och bygga ett släktträd för att ta reda på saken! Hela övningen finns här!

Analysera gener hos nyfunnen mördarbakterie

Hur kan en ny bakterie snabbt döda nästan alla som smittas? Bara fem gener skiljer den från en närmast ofarlig bacill! Elever får undersöka och analysera deras sekvens. För att komma mördarmekanismen på spåren. Övningen finns här!

Surfa i vårt genom!

Vandra in i människans genom. Leta efter gener som påverkar en spännande egenskap.  Upptäck hur gener ligger utspridda, är uppdelade i exoner, och fullproppade med repetitiva sekvenser. Zooma in tills du ser DNA-sekvensen och klicka vidare till fakta om vad genen har för sig. Se här

Vrid på proteinstrukturer

Vrida på schematiska och rymduppfyllande bilder av proteiner: Studera bromsmedicin mot  AIDS, vitamintransport i blodet, tillväxthormonets bindning till sin mottagare och hur DNA-bindande proteiner styr cellers öde under fosterutvecklingen. Se här!

Bygga livets träd från proteinsekvénser

Plocka fram sekvensen för ett protein från olika arter och bygg ett släktträd med allt från arkeer till djur. Jämför sedan med kompisar, som använt andra proteiner. Och fundera över varför era träd inte är alldeles lika. Se här!