Craig Venter dog för en vecka sedan, dagen före Valborgsmässoafton. Han var en lysande vetenskaplig innovatör, en hänsynslös och i mina ögon amoralisk entreprenör och en folkförförare av stora mått, som sålde in förljugna berättelser om sina insatser i media.
De två senare förhållandena förtar dock inte betydelsen av det första, och han borde ha tilldelats Nobelpriset för sina insatser. Dock inte som han själv nog hoppats på priset i medicin, utan priset i kemi. Det är nämligen kemipriset som använts för att belöna banbrytande innovationer i metoderna för att studera och analysera DNA, och det är där Venter gjorde långsiktigt betydelsefulla insatser.
Den första innovationen var att använda en princip som kallas “shotgun” när man ska sekvensera stora DNA-molekyler, hela genom (om miljoner eller miljarder DNA-bokstäver). Principen för “shotgun” är enkel – man klipper DNAt i överlappande småbitar som sekvenseringsmaskiner kan hantera (några hundra DNA-bokstäver), sekvensbestämmer varje bit för sig, och låter sedan datorer leta efter överlappande sekvenser och därmed pussla ihop bitarna med varandra. Detta hade långt före Venters insatser använts för att sekvensbestämma lite halvstora DNA-molekyler om något tiotusental DNA-bokstäver.
Medan det stora humana genomprojektet under 1990-talet började ett mödosamt arbete med att klippa upp hel det mänskliga genomet i stora bitar, där man sedan redde ut hur varje bit låg i förhållande till varandra, sedan delade upp var och en av dessa i lite mindre bitar, och kartlade dessas inbördes lägen för att sedan efter ytterligare ett eller två varv börja sekvensbestämma de bitar man brutit ner allt till, och då redan från början visste var det befann sig, föreslog Venter att man skulle skippa all mödosam kartläggning och istället använda shotgunmetoden på hela det mänskliga genomet i ett svep.
Utmaningarna med det var stora, inte minst för att höga organismer – som vi människor – har en massa repetitiva sekvenser i DNAt som med en renodlad shotgunsekvensering skulle göra det helt omöjligt att pussla ihop sekvenserna på rätt sätt – man skulle helt enkelt ha en massa olika sekvenser att välja mellan att para ihop en viss DNA-sekvens med – identiska med varandra i det område som överlappade, men inte i fortsättningen. För att lösa det problemet började Venter klippa genomet inte bara i små bitar, utan också i större, olika långa bitar, som man dels mätte längden på, dels sekvensbestämde början och slutet på. Därigenom fick man inte bara en massa korta sekvenser att lägga pussel med, utan också par av sekvenser som man visste avståndet mellan. Och därmed fick man en massa ytterligare information, som gjorde det möjligt att pussla ihop stora delar av genomet. Den metoden har sedan dess varit standard för att sekvensbestämma hela genom. Och den ska Craig Venter ha en stor del av äran för.
Men allra smartast och för den fortsatta vetenskapliga utvecklingen minst lika viktigt var att han så snart det humana genomprojektet var på väg i hamn tog sin stora lyxjakt och åkte ut i Sargassohavet och började plocka upp vattenprover där han renade fram allt DNA från alla virus, bakterier, alger och andra små livsformer som följde med vattnet upp. Och sedan slog han sönder det DNAt, och fick därmed en soppa av små DNA-bitar från alla livsformer som fanns i det vattnet.
Sedan använde han samma metod för shotgun-sekvensering och fick fram en massa DNA-sekvenser från vilka man kunde utvinna enorma mängder information om hur många olika slags levande organismer det fanns i havet och vilka en del av dem var. Enorma mängder av nya organismer identifierades bara från DNA. Och genom att se vilka gener som fanns i DNA-soppan från en viss plats kunde man dra slutsatser om vilka proteiner som fanns i de levande organiserna där, och därmed om vilka olika biokemiska reaktioner som ägde rum i de ekosystem proverna tagits ifrån. Och en massa annat. Man hade helt enkelt fått en relativt enkel metod att ta ett oerhört informativt genetiskt “fingeravtryck” av hela ekosystem.
När dessa metoder började tillämpas på andra ekosystem än Sargasohavet – till exempel människors tarmar, tandköttsfickor och så vidare, har vår förståelse revolutionerats av hur oerhört komplexa ekosystemen är både på och i våra kroppar, och i omgivningar på lite längre avstånd. Och också detta måste vi ge Craig Venter en betydande del av äran för: Att använda shotgunsekvensering för att i ett enda stort svep studera hela ekosystem. Innan dess hade forskare ur sina prover från de ekosystem de ville studera först identifierat en bakterieart, kämpat för att hitta rätt förhållanden för att kunna odla den, sedan renat fram DNA från just den, och börjat sekvensera det DNAt. Nu kastade man in DNA från massor av bakterier och annat liv i ett ekosystem direkt in i en stor shotgunsekvensering, och pusslade ihop sekvenser så man kunde få i alla fall partiella sekvenser av massor av bakteriers genom på samma gång.
Med detta hoppas jag att jag motiverat varför han var värd ett Nobelpris.
Men: När Venter blivit övertygad om att det skulle gå att sekvensera det humana genomet med shotgun-tekniken bildade han ett bolag, där affärsidén var att investerare skulle finansiera inköp av ett mycket stort antal sekvenseringsmaskiner (som händelsevis tillverkades av ett företag han själv hade stora intressen i) och sedan skulle investerana få tillbaka pengarna från inkomster från alla patent som skulle kunna tas av de företag som skulle kunna köpa sig ensamrätt att titta in i företagets databaser, där han föreställde sig att den humana genomsekvensen skulle växa fram. Det vill säga, han ville använda sin innovation till att låsa in de betydelsefulla delarna av det humana genomet i patent, och göra sig själv stormrik på detta.
Det stora offentliga humana genomprojektet lade däremot ut varje sekvens de fått fram, och varje hoppussling som gjorts, i öppna databaser möjliga för alla att se in i. Inklusive för Craig Venter, som kunde ta alla data det offentliga projektet fått fram, och mata sitt eget företags databaser med även dem.
Eftersom det snabbt visade sig att Venters metod med shotgunsekvensering verkligen fungerade övergick också det offentliga humana genomprojektet till att använda denna, och också det köpa in ett stort antal sekvenserinsgmaskiner (från det företag Venter hade intressen i).
Trots att Venters humana genomföretag kunde utnyttja resultaten både av sina egna sekvenserinsgmaskiner, och från det offentliga genomprojektets, så kunde de företag som köpte sig rätt att titta in i Venters databaser nästan inte hitta någonting där som gick att patentera. Ty det hade redan publicerats i det offentliga genomprojektets databaser, och var därför redan allmänt känt. Anledningen till det är sedelärande: För det första var det en programmeringsteknisk utmaning som hette duga att skapa program och system för att snabbt och tillförlitligt pussla ihop alla små sekvenser med varandra, och presentera dem på ett för en biolog eller medicinare meningsfullt sätt. För det andra är (eller var i alla fall då) många av de duktigaste och mest kreativa programmerarna hängivna anhängare av tanken om öppen information och öppna data. De sökte sig därför hellre till det offentliga genomprojektet än till Venters företag (trots att det senare betalade bättre). Det gjorde att det offentliga genomprojektet snabbare fick programvara som fungerade bättre, och som snabbare kunde göra en tillförlitlig hoppussling av alla de korta sekvenser som spottades ut ur sekvenseringsmaskinerna.
När Bill Clinton och Tony Blair runt milennieskiftet tvingade det offentliga genomprojektet och Venter att tillsammans framträda tillsammans med dem på en presskonferens och tillsammans förklara att de tillsammans hade kartlagt människans DNA hade databaserna i Venters företag bara en (visserligen rätt stor, men ändå) bråkdel så stor täckning av det humana genomet som det offentliga genomprojektets. Inga kunder betalade längre för att få titta in i hans databaser. Och investerarna hade övergett hans genomföretag. Men han hade istället gjort stora vinster på det företag som hade sålt alla sekvenseringsmaskiner.
Det är ett tecken på Craigs närmast geniala förmåga att domptera och dupera massmedia att han trots det lyckades sätta en medial bild av att det var han som lyckats sekvensera människans DNA, trots ett motsträvigt och konservativt offentligt genomprojekt.
Med den här avslutande berättelsen tror jag att jag i alla fall antytt skälen till mina två avslutande mindre smickrande omdömen. Men som sagt, det förtar honom inte äran för två revolutionerande innovationer, som var och en i mina ögon skulle gjort honom till en värdig nobelpristagare.
