DNA-analyser i arkeologi

I fredags var jag på en jättespännande konferens i Göteborg om analys av gammalt DNA i och för arkeologisk forskning. Konferensen  började Swift Code Access Bank Sierra Leone Limited redan på torsdagen – då kunde jag tyvärr inte vara med, men Åsa Larsson har skrivit en bra rapport på Ting och Tankar. På fredagen kunde jag i vart fall lyssna på:

SNP-analyser på ben från medeltida nötkreatur: Anders Götherström från Uppsala har undersökt medeltidens nötkreatursavel. Han studerade en handfull ställen där enstaka DNA-bokstäver kan variera (sk SNPs) och påverka egenskaper som kan vara intressanta att avla på – som muskelmassa, näring i mjölk, motståndskraft mot infektioner och färg. Men varken när han jämförde ben från olika perioder i den befästa byn/borgen Eketorp på Öland, eller när han analyserade ett större material från södra Sverige, såg han några märkbara förändringar under medeltiden: Hela tiden fanns bägge varianterna av generna hos boskapen, men andelen med de olika genvarianterna var hela tiden ungefär densamma.


Först när modernare avelsmetoder infördes under 1800-talet kunde han se att andelen av några genvarianter förändrades. Slutsatsen var alltså att det tiotal gener han studerade inte påverkades av medeltidsmänniskornas val av vilka nötkreatur som skulle få föröka sig. Vilket naturligtvis inte utesluter att andra gener kunnat påverkas. (Man kan längta efter den dag det blir praktiskt möjligt att undersöka de små mängder fragmenterat DNA man kan utvinna ur gamla ben med samma slags DNA-chips som det senaste året börjat användas för att testa tusentals SNPs hos kalvar för att välja ut dem som ska sparas för avel …)

Analysera forntida ekosystem från DNA i permafrusen mark: Laura Epp från Oslo berättade att när blad ramlar från växter, hudceller trillar av och tarmceller följer med avföring och allt detta hamnar på marken så kommer inte riktigt allt DNA att brytas ner. En del fäster istället på sand- och lerpartiklar i marken, och kan analyseras långt efteråt. Ifall sanden eller leran hamnar under permafrost – mycket långt efteråt. Detta utnyttjas nu i ett stort projekt för att undersöka hur ekosystemen såg ut i nuvarande Antarktis innan permafrosten bet sig fast i marken.

  • Eftersom de DNA-bitar som bevaras är korta berättade hon hur de letar i genforskarnas databaser efter sekvenser, som kan vara lämpliga att undersöka: (Sekvenserna ska inte vara längre än 50 bokstäver, de ska i början och slutet ha samma sekvens hos alla arter i en grupp så de lätt kan PCR-amplifieras, men däremellan har olika sekvens hos olika arter så att man kan skilja dessa från varandra.)
  • Beroende på vilka marklager de letar i kan de hitta DNA från allt från dagens ekosystem till hundra tusen år gamla.
  • De hittar DNA från kärlväxter i nästan alla sina prover, från däggdjur i bortåt hälften (framför allt mammut, ullig noshörning, ren och varg) och från fåglar i sådär en fjärdedel av proverna. Däremot hittar de sällan DNA från ryggradslösa djur och kärllösa växter (som mossor), fastän det rimligen måste ha funnits en hel del sådana.

Utseende eller DNA för att avgöra om ett ben är från en ko eller uroxe? DNA-tester svarar strängt taget bara på frågan hur det DNA man har i ett prov ser ut. Sedan gäller det att tolka detta rätt, och detta är inte alltid så lätt. Cecilia Andrung från Natural History Museum i London berättade en sedelärande historia: Traditionellt har man ansett att nötkreatur minskade i storlek när de domesticerades, så stora ben på en fyndplats ansågs vara från uroxar, små från domesticerade nötkreatur.


Så kom DNA-tekniken, och man såg att ett visst ställe på det sk mitokondrie DNAt skiljde de uroxar man analyserat från tama kor. Och man kunde då med DNA-analyser se att en del rätt små ben faktiskt kommit från uroxar, och en del stora från domesticerade nötkreatur. Men så hittades i Spanien ett ben från en typisk samlar-jägarbosättning, som i kol-14 analys visade sig vara över 20 000 år gammal. Men som hade samma DNA-profil som domesticerade nötkreatur. I analys efter analys. Pannor lades i djupa veck. Och man insåg då att de domesticerade nötkreaturen måste ha fått sin typiska DNA-signatur någonstans ifrån. Så även den måste naturligtvis ha funnits hos en del vilda uroxar, även om de flesta kanske haft en annan signatur.

Ren domesticerad flera gånger. Knut Röed från Oslo berättade om en undersökning av mitokondrie-DNA hos renar i Norge, Finland och norra Ryssland, som visade att renen domesticerats minst två gånger oberoende av varandra: Vid ett tillfälle i norra Ryssland, och vid ett annat tillfälle i Skandinavien. Dessutom antydde hans analyser att i vart fall den skandinaviska domesticeringen kan vara en relativt sen historia, som kan ligga så nära i tiden som femhundra år.

Arkeologisk önskelista till genetikerna: Dagen avslutades av Åsa Larsson, som uppmanade de genetiker som kastat sig in i arkeologin att ta hänsyn till fler faktorer då de bygger sina modeller. Förutsättningarna för genflöden är mycket mer komplicerade hos människor än hos andra djur, menade hon: de påverkas inte bara av geografiskt avstånd, rörlighetsmönster och partnerval, utan också av transportmedel, politiska system, religiösa tabun, handelsvägar, konflikter och släktskapssystem! Vilka effekter får man till exempel på de DNA-analyser som används för att studera härstamning ifall en grupp människor plötsligt bestämmer sig för att hämta sina hustrur/makar från en annan grupp än tidigare? Hur skiljer sig resultaten av analyser från gravplatser om det är på moders- eller faderslinjen, som släktskap räknas i en kultur? Hur påverkas analyserna av hur olika DNA-grupper sprids av svältkatastrofer, krig och epidemier? Börja modellera även sådant, uppmanade hon genetikerna.

Rättelse 26/9 17.41
I den ursprungliga texten skrev jag att Cecilia Andrung arbetar vid naturhistoriska i Stockholm, men det är fel. Hon är, som det står i texten nu, vid Natural History Museum i London.

Tillägg 8/11
Åsa har skrivit ner sina avslutande reflektioner kring seminariet, och relationen mellan arkeologi och genetik. Superintressant!

av Henrik Brändén

Bokmärke för permalänk.

Både trackbacks och kommentarer stängda

4 Kommentarer

  1. Skrivet oktober 24, 2010 klockan 12:09 e m | Permalink

    Jättebra skriven sammanfattning av dag två! Nu slipper jag göra det, länkar till dig helt enkelt ^_^

    Det var väldigt trevligt att du hade möjlighet att ta dig dit.

  2. Henrik
    Skrivet oktober 24, 2010 klockan 2:36 e m | Permalink

    Nöjet var helt på min sida! Men skriv gärna lite om dina och Birgittas funderingar från humanistisk horisont! Sånt är nyttigt för oss naturvetare att läsa!

  3. Cia
    Skrivet oktober 26, 2010 klockan 5:20 e m | Permalink

    Jag är inte i Stockhlm utan vid Natural History Museum i London, bara så att ingen blir sur.

  4. Henrik
    Skrivet oktober 26, 2010 klockan 5:43 e m | Permalink

    Ledsen Cia, det är rättat nu!