Sekvensera mera – och sedan då?

Hemkommen från en sommarstuga börjar jag gå genom de vetenskapliga tidskrifterna för juli. Två notiser sticker i ögonen: I mitten av juli rapporterades att det brittiska Sanger-institutet fått pengar för att under de närmaste åren sekvensbestämma hela arvsmassan hos 4000 försökspersoner. För att försöka hitta sällsynta genvarianter, som påverkar risken för olika sjukdomar. (Här finns mer info om projektet.) Några veckor senare meddelade ett litet kalifoniskt företag (Complete Genomics) att de bara under juli månad för olika kunders räkning sekvensbestämt hela 100 hela mänskliga arvsmassor, och att de har ytterligare 500 på kö.

Som synes går utvecklingen svindlande snabbt. Det är bara tio år sedan det biovetenskapliga forskningssamhället med uppbådande av alla sina krafter lyckades åstadkomma en sekvens för det mänskliga genomet (som var en mosaik av många olika människors). För bara några år sedan fick den första enskilda människan hela sin arvsmassa sekvensbestämd, till en kostnad av tiomiljontals dollar. Idag sjunker priset för att sekvensbestämma en människas arvsmassa snabbt mot tusen dollar. Teknikerna för att läsa arvsmassa blir faktiskt snabbare och billigare i ännu hetsigare takt än teknikerna för att lagra och processa digital information!

Men när forskare nu börjat sekvensbestämma tusentals människors hela arvsmassor reses svåra etiska frågor om försökspersoners integritet kontra principen om fri tillgång till forskningsdata (DNA-sekvenserna) via nätet. En princip som etablerades för att göra DNA-sekvenser offentliga i samma stund de lämnat sekvenseringsapparaterna, och därmed omöjliga att patentera. Och som dessutom gjort det möjligt för tiotusentals forskare Golden Belt Bank FSA Routing Number världen över att dra nytta av rådata från varandras experiment och undersökningar.

Dilemmat blir särskilt svårt då forskarna i dessa undersökningar inte i första hand är intresserade av sekvensdata i sig själva, utan av dessa data i kombination med information om livsstil och vilka sjukdomar de sekvensbestämda personerna drabbats av. Alla som vet något om databaser inser att även om man anonymiserar informationen kan samkörning av sådana register mot annat som finns eller i framtiden kan hamna på nätet mycket väl kunna leda till att försökspersoner i framtiden identifieras. (Att så kan ske har faktiskt redan visats!) Så hur ska man göra?

Transparens? Några säger att man ska lösa problemet enligt principen om total transparens. De föreslår att man ska sluta lova deltagare i dessa studier anonymitet, och istället värva deltagare som är beredda att publicera allt om sig själva på nätet – inklusive foto och detaljerade uppgifter om privatlivet. (Exempelvis Personal Genome-initiativet i Boston, som i skrivande stund har över 15 000 volontärer.) Ledande tidskrifter uppmanar politiker skapa ekonomiska incitament för att förmå fler privatpersoner att ta ett sådant steg.  Men jag är rädd att de som hoppar på detta tåg kan att upptäcka att deras grannar, släktingar, arbetsgivare eller försäkringsbolag med tiden kan hitta information i deras sekvenser som får dem att ångra sig. Eller gör att deras barn får svårt att förlåta dem.

Låsta databaser? Andra föreslår att man låser databaserna och bara låter licensierade forskare komma in i dem. Frågan är dock vem som ska anses vara behörig forskare, och vem som ska bestämma det. Sådana tankar öppnar för favorisering av vänner eller det egna landets forskare. Det öppnar för att spännande upptäckter låses fast i patent. Och det stjälper den underbara principen om fri informationsdelning och möjlighet även för icke-etablerade forskare att få tillgång till alla de fantastiska rådata som produceras.

Förbjuda försök att knäcka anonymiteten? Så det förslag jag tycker är rimligast är att man fortsätter anonymisera prover och data om livsstil och hälsa. Förklarar för försökspersonerna att man ska göra allt man kan för att försvara denna anonymisering, men att man inte kan garantera att det lyckas. Och att statsmakterna tydligt gör det förbjudet att försöka knäcka anonymiteten i dessa uppgifter och sekvenser.

Läs mer:

Jag har skrivit om integritet och sekvensande på denna blogg (här och här), på Livbåten (här och här) och i en rapport från en populärvetenskaplig konferens jag förra hösten besökte för Gentekniknämndens räkning. Läs gärna en diskussion om grundfrågan i den vetenskapliga nättidskriften PLoS Genetics.

av Henrik Brändén

Bokmärke för permalänk.

Både trackbacks och kommentarer stängda

10 Kommentarer

  1. Arne
    Skrivet augusti 6, 2010 klockan 8:25 f m | Permalink

    VAD HÄNDER VID VINTERSOLSTÅNDET ÅR 2012????????????????????????????
    Vi är nu inne i en fas där vi lämnar FISKARNAS tidsållde och gårin i VATTUMANENS tidså.! Denna ”prosses” kan pågå i ca: 500. år. Under denna prosses bryts det gammla ned och nya influenser kommer in.
    Detta är cykler på 2500år. och Vatumannens tisålder börjar vid vårdagjämningen 1950. Globalt; med 10-talet som måttstok är det läge för ett ”digitalt” sammarbete mellan Nord och Syd vad hjäller bl.a. tidsaspekten! Vad är tid? är det en fiktion? Spännvidden mellan Solur till dagens Atomur ger inget svar på detta.
    Men har den gamla fillosofen Pytagoras svaren på detta? Han sysslade med bl.a. med något som kallas för hyllosoiken! Fritt översatt betyder det andlig matrialism. Man bygger med andra ord med sina tankar. Det är här nya forsningsområden kommer in i billden med den ETERISKA fysiken och de ESETERISKA lärosattserna m.m.!
    Pyramiden och elemäntläran vatten, äld, jord, luft och med eter i toppen var kännetäknande för PYTAGORAS. Men hur var det med Jesus, var det mellan dessa fyra elemänt och med korset som cymbol han blev fjättrad?
    En lärosatts som håller måttet, när värkligheten och kartan smällter samma är det dags att rita nya kartor och bygga nya ”LUFTSLOTT i sajberrymdens etervågor”!

  2. Henrik
    Skrivet augusti 6, 2010 klockan 9:43 f m | Permalink

    Hej Arne, Jag skulle inte använda ordet ”forskningsområden” som du gör ovan, de områden du talar om utforskas inte med vetenskaplig metodik, utan förefaller mig snarare vara föremål för en religionsliknande introspektion. Dessutom skulle jag vara glad om kommentarer på min blogg har en någorlunda tydlig koppling till den bloggpost de kommenterar, och jag lyckas inte hitta en sådan i ditt inlägg här. Vänliga hälsningar,
    /Henrik

  3. Skrivet augusti 6, 2010 klockan 10:48 f m | Permalink

    Otroligt viktiga frågor du lyfter här (och då menar jag inte vintersolståndet). Jag tycker liksom du att forskningen måste få fortsätta, att öppenhet är viktigt och att det mest vettiga i nuläget är att förbjuda integritetskränkande försök att knäcka kodade databaser. Men vi kommer nog få uppleva många svåra beslut och konsekvenser i framtiden.

    Det här med etik och genetik är fortfarande alltför rudimentärt uppmärksammat. Inom arkeologin har man börjat analysera gamla skelett vars gener får stå för något sorts urfolk utan att riktigt vilja ta i de mörka krafter det kan uppmuntra. Inom historia har det blivit allt mer poppis att analysera kända döda personer skelett. Men vilka rättigheter har vi om dessa har släktingar kvar i livet? Vem har rätt att bestämma om vi får analysera och vad som ska publiceras? Malin Masterton har nyligen skrivit en avhandling om detta och jag tror att dessa frågor kommer bli allt viktigare nu när detta sätter fart.

  4. Arne
    Skrivet augusti 6, 2010 klockan 11:51 f m | Permalink

    Bäste Henrik jag är medveten om att jag tangerar gränslandet mellan den etablerade vetenskapen och ”sevdovetenskapen”. Men jag ville med mitt inlägg vidga perspektivet vad hjäller genfosningen, och ventilera den oro jag och många med mig känner inför
    detta ”svårmästrade forsningsfällt”. De genmanupulerade grödor är jag mycket mycket betänksam till. Här är Don Carlson pionarbete innom jordbruksnäringen ett realistiskt kompliment och alternativ.
    http://www.real-sonic-bloom.com/
    Och när det hjäller ljud i alla dess former så kan frekvesmedicin vara vara ett bra alternativ och stöd innom genforkningens vida område! Och om du ursäktar Henrik så tar jag också med en av de tre skapelseberättelserna i Bibeln, i begynnelsen var ordet och ordet var GUD. Förövrikt vad hjäller religion så kan man med fantasi tolka konsumismen som den moderna religionen med ”varuhuset” i centrum, där det hjäller att handla och ”lyckan är jord”!

  5. Henrik
    Skrivet augusti 6, 2010 klockan 2:31 e m | Permalink

    Hej Åsa,
    Ja, och så har vi alla de fall då forskare åker till folk utanför den västeuropeiska kulturkretsen, och tar DNA-prover, och inte sällan hamnar i komplicerade situationer relativt våra principer om informerat samtycke: För det första rena språk- och utbildningsproblem: Lyckas man få dem man vill ta blod från att förstå vad de ger samtycke till? Vidare problem kring synen på individ och grupp: Hur hanterar man situationen när man förs till en ålderman, förklarar saken och denna fattar ett beslut som han säger gäller för alla i hans grupp? Och därtill den misstänksamhet som århundraden av kolonialism och överlägsen mentalitet skapar för förtroende och tilltro … Nyligen rapporterades att University of Arizona efter sex års domstolstvister kommit överens Havasupai-folket i Grand Canyon att lämna tillbaka över 100 DNA-prover och betala 700 000 USD i skadestånd: Givarna hade visserligen undertecknat samtyckeshandlingar som gav rätt att använda proverna brett, men hävdade att de vid provtillfället getts intryck att de bara skulle användas till diabetesforskning. Varefter de använts även i andra undersökningar. (Science 328:558)

  6. Skrivet augusti 7, 2010 klockan 12:10 f m | Permalink

    Det var intressant fall. I höst ska det hållas en specialkonferens om DNA och arkeologi i Göteborg där jag är inbjuden att prata lite ur en kritisk vinkel. Jag är positiv till att använda vetenskapliga landvinningar som sekvensering för att lära oss mer om förhistorien, men orolig för att genetikerna lätt använder sig av humanisternas benämningar på kulturer som vore de reella kategorier, och dessutom drar alltför stora växlar på ett minst sagt torftigt material. Men det lär bli en kul sammankomst hursomhelst, med mycket information om de senaste studierna.

    Utannonseras snart, då lägger jag upp info på bloggen.

  7. Henrik
    Skrivet augusti 7, 2010 klockan 12:59 f m | Permalink

    Det här med kulturer och populationer är ett knepigt kapitel. I princip ska en genforskare veta att även de populationer vi naturvetare pratar om är teoretiska konstruktioner, där inga bestämda gränser finns mellan dem. Så i princip borde det inte vara så svårt för oss genetiker att förstå att samma sak gäller för ”kulturer”.

    Jag tror vi ser samma sak här som när gentekniken för tjugofem år sedan började användas för att förstå olika aspekter av människokroppen och olika sjukdomar: Entusiastiska genforskare börjar använda sin teknik på nya problem, kan relativt snabbt få fram en handfull spektakulära slutsatser, men det är först när de gentforskare som hoppat till den nya vetenskapen lär sig denna ordentligt, och den vetenskapens utövare börjar lära sig gentekniska metoder som tekniken verkligen kan börja ge betydelsefulla bidrag till de nya vetenskaper de börjat användas i. Genforskare började till exempel ge sig på problem i biologisk systematik för över 25 år sedan, men det är först under det senaste årtiondet tekniken verkligen integrerats i ämnet, och börjar leverera några större mängder svar på sådana frågor som systematikerna haft svårt att komma åt med andra metoder.

  8. Anders B
    Skrivet augusti 8, 2010 klockan 7:44 e m | Permalink

    Visst är detta en viktig fråga som kommer att bli mer och mer aktuell, men jag tycker att problemens storlek ofta överdrivs något. Folk är oroliga för att kunskap om deras genotyp ska kunna användas för dra slutsatser om deras fenotyp (nutida eller framtida). Först bör väl sägas att för tillfället får man väldigt lite, och osäker, information om en persons fenotyp genom att titta på dennes hela genomsekvens – vi vet fortfarande väldigt lite om vilka sekvensvarianter som ligger bakom fenotypskillnader (många fenotyper påverkas dessutom av icke-genetiska faktorer). Detta kommer ju dock förändras i framtiden.

    Men den poäng jag egentligen vill föra fram är följande: om man är orolig för att folk kan förutsäga ens fenotyp, så är det ju fenotyp-data, snarare än genotyp-data, som man bör hålla hemlig. Det bästa sättet att få kunskap om någons fenotyp är att observera just fenotypen, inte genotypen (vill du veta hur lång någon är, mät dennes kropp med ett måttband snarare än att sekvensera dennes genom). Fenotyp-data har vi dessutom samlat på folk under väldigt lång tid, t.ex. i sjukjournaler. En sjukjournal borde vara mycket känsligare än en genomsekvens ur ett integritetsperspektiv. Genom åren har jättemånga och jättestora epidemiologiska studier gjorts där man samlat känslig information om folks fenotyp. Dessa aktiviteter verkar inte ha lett till några större problem hittills.

  9. Henrik
    Skrivet augusti 8, 2010 klockan 8:53 e m | Permalink

    Anders, kunnig och intelligent kommentar, men jag håller inte riktigt med om slutsatsen: För det första innehåller en sjukjournal bara enstaka nedslag i fenotypen (våra egenskaper och egenheter) medan en genomsekvens innehåller HELA genotypen. För det andra: i de epidemiologiska studier som gjordes tidigare låg kunskapen om deltagarnas livsstil och journaldata på en enstaka institution/institut, men här handlar det om att bygga upp stora internetbaserade databaser som alla forskare eller alla människor kan komma åt. För det tredje uppkommer det riktigt känsliga ur integritetssynpunkt när forskarna nu behöver databaser där DNA-data och data om livsstil och sjukdomar ligger bredvid varandra och kan kopplas ihop med varandra: I Personal Genome-projektet lägger de ut rubbet på nätet tillsammans med de berördas foto, namn och födelsedata. Hos vårt svenska Life Gene bygger man istället en databas med kodade hälso- och livsstilsdata, och där forskare sedan kan få ut kodade blodprover att göra DNA-analyser på. I bägge fallen ska man kunna koppla ihop genotyp- och fenotypdata, men i vårt svenska projekt försöker man i vart fall skydda försökspersonernas identitet. (Liksom i det brittiska projekt som nämns i bloggposten).

    Att man just nu inte kan förutsäga ens egenskaper från ens DNA-sekvens med någon imponerande precision är precis som du påpekar egentligen ingen invändning eftersom hela poängen med den forskning dessa sekvenser ska användas i är att försöka knäcka sambandet mellan DNA-sekvens och egenskaper och sjukdomsrisker. Misslyckas man är det naturligtvis inte så stor fara för integriteten. Men tror man att det ska hända finns ju ingen anledning att över huvud taget göra de undersökningar man vill ta fram dessa sekvenser för!

  10. Arne
    Skrivet augusti 19, 2010 klockan 7:43 f m | Permalink

    Evolutionen är en process i ständig omvandling av energier!
    Här ett utkast från nedanstående länk!—
    En framstående vetenskapsman i vår tid svarade på frågan, om mänskligheten ännu lyckats utforska en procent av verkligheten: ”Nej, icke ens en tiotusendels procent.”

    http://www.laurency.com/Swedish/indexswe.htm

2 Trackbackar

  • Av Den saknade ärftligheten | Henrik Brändén den oktober 11, 2010 kl 2:56 e m

    [...] En annan tänkbar förklaring är att mycket av ärftligheten kommer sig från mycket sällsynta genvarianter, som kan ha betydande effekter, men skilja mellan olika familjer där förhöjd risk för en sjukdom går i arv. Senaste året har en rad resultat kommit, som visar att så är fallet för både risken för schizofreni och för autismspektrat.  För att försöka hitta sådana sällsynta genvarianter vill många forskare börja sekvensbestämma hela arvsmassan hos stora mängder patienter och friska kontrollpersoner. Något som väcker svåra frågor om integritet kontra fri tillgång till forskningsresultat (något jag redan skrivit om här!) [...]

  • Av Sekvensera mera – och sedan då? | Henrik B den november 4, 2012 kl 2:01 f m

    [...] Den snabba utvecklingen av tekniker för att sekvensbestämma hela arvsmassan hos människor gör att vi måste börja diskutera frågorna på allvar om hur vi ska använda och skydda den information man då får fram. Publicerat på min molekylärbiologiska blogg. Läs inlägget här! [...]